سونیک، ناکلز و تیلز بار دیگر برای مقابله با دشمنی قدرتمند و جدید به نام شدو متحد می‌شوند؛ یک شرور مرموز با قدرت‌هایی که مانندش را هرگز پیش از این ندیده‌اند. با برتری توانایی‌های شدو، تیم سونیک ناچار است به دنبال یک اتحاد غیرمنتظره بگردد.
در فیلم سونیک خارپشت سونیک ، یک جوجه تیغی آبی انسانی از دنیای دیگر است، که برای فرار از افرادی که به دنبال مهار قدرت او یعنی سرعت فوق العاده او هستند ، به زمین آمده است. پس از اتفاقی که باعث قطع برق گسترده و مخفی شدن در شهر گرین هیلز ، مونتانا شد ، سونیک توسط دولت هدف قرار می گیرد که سپس روباتیک مستبد دکتر روبوتنیک (جیم کری) را برای شکار وی استخدام می کند.
